A primeira e mais imediata questão é que o Skype disponibilizado no site deles é ainda para a versão 12.04 do Ubuntu, ou seja, quase um ano depois do lançamento da versão 14.04 - LTS - trusty do Ubuntu, ainda não há um Skype para essa versão.
A mesma coisa se aplicando às demais distribuições, onde a oferta para o Fedora ainda o é para a versão 16, quando essa distribuição já se encontra na versão estável 20 e assim por diante, então o mais grave problema, nesse momento, é mesmo inexistir Skype para as versões correntes das distribuições Linux.