Pelo que eu entendi, você alterou o arquivo de detecção do mouse, para possibilitar que o dpkg-reconfigure xserver-xorg encontre o seu mouse; me corrija se eu estiver errado.
Bem, pelo o que eu pude entender, você não quer usar o dpkg-reconfigure xserver-xorg pois daria um pau na resolução do seu monitor. Quanto a isso, procure entrar no site do fabricante do seu monitor, ou mesmo na net pelo manual do seu monitor. Assim você terá uma maior gama de resoluções com o alinhamento correto da imagem no monitor, ou seja, sem ter que colocar a imagem mais para a direita ou para a esquerda por causa da diferença de frequencia entre a configuração do Windows e do Ubuntu.
Bem se você quer que o mouse funcione sem mexer no dpkg-reconfigure xserver-xorg, faça o seguinte:
vá ao terminal e digite:
vi /etc/X11/xorg.conf
dentro do arquivo procure o seguinte pedaço, onde está (Section "InputDevice"), e reescreva deste modo, mudando o endereço do mouse da porta PS/2, que o Ubuntu chama de (mice) e fica dentro do subdretório (input) para ttyS0 que é a COM1 no Windows (fazendo um paralelo). Depois mude o nome do protocolo de comunicação do dispositivo, de (ImPS/2) para (Microsoft).
EndSection
Section "InputDevice"
Identifier "Configured Mouse"
Driver "mouse"
Option "CorePointer"
Option "Device" "/dev/ttyS0"
Option "Protocol" "Microsoft"
EndSection
Isso deverá fazer o mouse serial funcionar no X, independentemente de você estar usando Gnome, KDE, XFCE, fluxbox ou qualquer outro tipo.