Nesse caso você deve instalar o Ubuntu usando a opção avançada, se usar a opção padrão de instalação, o Ubuntu será instalado ao lado do Windows, e será dada a opção de escolher os dois sistemas, da mesma forma. Na opção avançada, selecione o HD que deverá ser instalado o Ubuntu, se desejar crie uma pequena partição nele para swap, eu pessoalmente não uso, mas vai depender de quanto de RAM tem seu computador. Pesquise na internet como usar a opção avançada.
Ou espere o pessoal mais experiente vir te ajudar.
Boa sorte!
