De uma olhada em /home/seu usuario/.config/monitors.xml renomeie esse arquivo para outro nome, depois reinicie a sua maquina com o monitor externo conectado, se vc esta usando um monitor extra na sua maquina, apos reiniciar veja se voltou ao normal, e ajuste indo nas preferencias, em monitores.
Se vc tem placa de video nvidea ou ati ajuste nos proprios paineis de controle, como root.