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Se estiver em modo gráfico, clique com o botão direito em um desses arquivos que não exclui e selecione Propriedades/Permissões e verifique quem é o 'Proprietário'Certamente ele não é o seu usuário, dai você terá que ter permissões administrativas (root)
Eu tenho um probleminha parecido. s[o que sendo na lixeira! tento excluir alguns arquivos permanentemente e os mesmo n'ao podem ser excluidos.entro no terminal e viro root, só que mesmo sendo root não consigo exclui-los. dica quando acesso o nautilus sendo root não tenho acesso a varios arquivos inclusive a lixeira.