Um dos motivos pode ser a inconsistência do sistema de arquivos, tente o comando : fsck.vfat device( aqui device é a localização do dispositivo), caso não funcione tente fsck.vfat -a device ( para tenta corrigir automaticamente o sistema de arquivos) e por último tente formata com mkfs.vfat device
Obs: no meu caso o meu pendrive é o device /dev/sdb1.
saida do comando df -h:
jean@jean-C14CR01:~$ df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda8 14G 4,7G 8,3G 37% /
none 4,0K 0 4,0K 0% /sys/fs/cgroup
udev 686M 4,0K 686M 1% /dev
tmpfs 140M 1,2M 138M 1% /run
none 5,0M 0 5,0M 0% /run/lock
none 696M 224K 695M 1% /run/shm
none 100M 48K 100M 1% /run/user
/dev/sda9 82G 11G 68G 14% /home
/dev/sda2 96M 28M 69M 29% /boot/efi
/dev/sdb1 7,5G 1,4G 6,1G 19% /media/jean/MYLINUXLIVE