Edvaldo, cada uma delas desempenha uma função diferente.
O Unity Tweak Tool, é para modificar o Unity em específico (daí o nome).
O Gnome Tweak Tool, é para modificar o ambiente gráfico Gnome.
O Ubuntu Tweak Tool, é para modificar o Ubuntu em geral, junto com o Unity.
Eu uso o último, para remover os kernels antigos.
Renan, cada um se adapta ao seu tipo de uso, eu recomendo o Ubuntu Tweak Tool.