Presumo que você esteja usando o Ubuntu na versão 12.04 ou superior, e que tenha tentado instalar o Mupen64plus a partir dos repositórios.
Se as duas condições acima estiverem corretas, então é o seguinte: Nas versões mais recentes do Ubuntu, passaram a utilizar as versões mais atuais do Mupen64plus nos repositórios oficiais, que é a 1.9.algumacoisa.
Mas o que poucos sabem é que, alguns anos atrás, na época do Ubuntu 10.04 Lucid Lynx, a versão do Mupen64plus possuía uma interface gráfica (muito boa, por sinal). Na época, a versão do emulador disponível nos repositórios era a 1.5.
Ao achar isso estranho, pesquisei sobre o assunto, e descobri que em versões superiores à 1.5 do Mupen64plus, mudaram um monte de coisas no emulador, de modo que tiveram que descartar a interface gráfica da versão 1.5 e usar o emulador apenas via terminal.
Sendo esse o caso, para usar o Mupen64plus com interface gráfica, você tem duas escolhas:
1. Ir no site do Mupen64plus e baixa a versão 1.5 do emulador, que possui a interface gráfica antiga (aqui o link do binário para 32-bits, por exemplo:
http://code.google.com/p/mupen64plus/downloads/detail?name=Mupen64Plus-1-5-bin-32.tar.gz&can=1&q=1-5);
2. Continuar usando a versão mais recente, e procurar por "CuteMupen". Trata-se de uma interface gráfica desenvolvida à parte para as versões mais recentes do Mupen64Plus, projetada para substituir a interface gráfica antiga. Ela quebra o galho razoavelmente, embora esteja faltando várias funcionalidades básicas, como por exemplo configurar comandos de controles. De todo modo, você a encontra aqui:
http://sourceforge.net/projects/cutemupen/No meu caso, uso o Ubuntu 12.10 lá em casa, e optei pela primeira escolha. Embora eu não possa usufruir dos novos recursos das versões atuais do Mupen64Plus, a interface gráfica funciona muito bem, e praticamente todos os jogos que testei rodam a 60fps num Core 2 Duo. Só o fato dela possuir uma interface gráfica completa me fez deixar de usar a versão dos repositórios e usar a 1.5.
EDIT: O Mupen64Plus 1.5 possui uma dependência que precisa ser instalada, para ser possível configurar os controles: o pacote "libsdl-ttf2", que pode ser instalado pela Central de Programas do Ubuntu