Olá rruella. Vou tentar te explicar sem complicar demais com linguagem técnica.
O kernel PAE é um kernel 32 bits com suporte para mais de 4GB de RAM. É uma maneira de você poder usar mais de 4GB de RAM em um sistema 32bits. Então apenas em um sistema 32bits você vai fazer uso deste tipo de kernel. No geral ele é um pouco mais lento que um kernel que não use o PAE.
O kernel Generic tenta "agradar a gregos e troianos"! Como o kernel deve se comportar bem numa infinidade de hardware diferentes e de situações de uso diferentes, os desenvolvedores do kernel do Ubuntu tentam compilar uma versão que seria "pau pra toda obra". Ou seja, deve funcionar bem em PCs, Notebooks e Servidores. No fim eles ativam a economia de energia, usam um escalonador que vai deixar você fazer um monte de coisas ao mesmo tempo sem ficar travando o sistema e deixam o processador trabalhar "folgado", 250Mhz de partida com o ondemand ativo por padrão. Resumindo, ele não vai ser uma ferrari, mas vai ser tipo um Sedan. Te leva em quase todo lugar com o maior conforto!
Entretanto, tem gente que gosta de tirar o máximo de desempenho do sistema, neste caso você pode tentar usar o kernel Lowlatency - baixa latência ou baixo tempo de resposta. Este tipo de kernel dá prioridade ao desempenho em detrimento de poder fazer várias coisas ao mesmo tempo. Se você tiver uma máquina potente, você não vai sentir o sistema dando travadas. Seu escalonador geralmente é um mais agressivo, usam 1000MHz para o processador e o ondemand é esquecido! Resumindo, seria pra ter uma Ferrari!
Ainda tem aqueles que fazem uso do seus sistema quase que exclusivamente com músicas e vídeos. Seja na editoração ou em todos os outros aspectos técnicos necessários para criar suas obras. Aí um kernel Lowlatency ou Generic pode não servir legal. Então eles usam um kernel RT, ou Real Time. Neste caso a prioridade é dada a parte multimídia do sistema. Ou seja, Som e Vídeo!
E é claro, ainda temos os servidores! Aqui o lance é ser conservador e estável. Este tipo de kernel deve ser como um transatlântico. Ele pode ser mais lento que os outros tipos de kerneis mas acima de tudo deve ser, seguro e estável. Afinal de contas, um monte de gente depende que ele chegue ao seu destino em segurança e sem sobressaltos! Aqui eles usam escalonadores que tratam todos como iguais e seu processador deve trabalhar com muita folga, 100Mhz e com tudo que puder economizar energia!
Então como pode notar, são muitos os desafios para os desenvolvedores do kernel. Antigamente havia uma quantidade enorme de variações do kernel do Ubuntu. Eles fizeram uma reunião e praticamente acabaram com a festa! Isso porque descobriram que a diferença de desempenho não era assim essas coisas e valia mais concentrar esforços num só kernel que atendesse a todos do que ficar dividindo esforços em vários tipos!
Agora, se quiser e puder compilar seu próprio kernel, dá diferença sim. Mas o kernel Generic já evoluiu tremendamente. Principalmente nessas versões mais recentes, 3.7 e 3.8.
Era isso. espero não ter embolado o meio de campo!