Baixei um software que veio compactado, então apenas descompactei ele em uma pasta e ele está funcionando normalmente. Porém quero que ele seja um programa padrão para algumas extensões. Eu vou em "propriedades" do arquivo e quando vou na aba "abrir com", mas ele não aparece lá.
Alguém pode me dizer o que eu tenho que fazer para ele ser reconhecido pelo sistema?
Não vai aparecer na lista porque vc nem instalou ele (embora esteja rodando). Pode ser que o programa apareça na lista se o executável ou um link esteja devidamente na pasta
/usr/local/bin. Abra o nautilus como administrador (Alt+F2 e digite
gksu nautilus e depois aperte Enter) e copie a pasta inteira do seu programa para a pasta
/opt, depois faça um link (atalho) do executável (o ícone que vc dá duplo clique para abrir o programa) e recorte e cole esse link em /usr/local/bin, altere o nome dele de maneira que tenha o mesmo nome do seu programa (tire o "atalho para" do nome).
Edit: Seu programa deve estar em /home, /home/Download ou em outra pasta da /home. A /home, assim como a /opt e a /usr ficam todas no diretório raiz do sistema, o nível mais baixo, que é o famoso "/". Quando vc abre o nautilus como super usuário ele abre automaticamente na raiz do sistema.