Está usando o 12.04? Nele é fácil configurar o Ubuntu One, basta clicar no ícone disponível no Launcher, lado esquerdo da tela, ou digitar "Ubuntu One" no painel inicial. Isso vai fazer com que o Ubuntu One seja instalado. Depois disso, vá nas pastas que vc quer manter sincronizado, clique com o botão direito sobre ela e escolha "Sincronizar esta pasta", ou algo do gênero. Isso vai fazer uma espécie de backup.
É preciso criar uma conta no Ubuntu One, seu login será uma conta qualquer de email.
Depois de formatado, faça os mesmos procedimentos, instale o Ubuntu One e faça seu login nele. Automaticamente suas pastas que estão lá nas nuvens aparecerão no seu computador, nas mesmas localizações.