MaiquelK, não entendi bem sua pergunta, você quer criar um projeto no Eclipse ou um script para o Eclipse?
Se for a primeira opção: File -> Java Project -> [Insira o nome] Next -> Finsh -> No canto esquerdo, em cima do nome do projeto, clique com o botão direito -> New -> Class
Se for a segunda opção, no terminal: touch [nome_do_script].sh -> para editá-lo: nano [nome_do_script].sh