Nesse
post você vai ver dois comentários a respeito de desfragmentação de disco no GNU/Linux.
Quanto a mim, uso Ubuntu a 3 anos e nunca me preocupei com isso, e também, nunca tive problemas com fragmentação. E olha que sou professor e trabalho com diversos arquivos ao mesmo tempo, tanto de textos, planilhas, slides, vídeos, música, conversão de arquivos em formatos diferentes...