você executou o arquivo "jre-1_5_0_22-linux-amd64.bin", certo? Isso deve ter criado a estrutura do Java, de forma que o programa "update-java-alternatives -l" possa listar o Java 6 (provavelmente "java-6-sun 63 /usr/lib/jvm/java-6-sun") e o Java 1.5 que você acabou de instalar. Com o mesmo programa, vc vai selecionar um dos dois.
Os arquivos ".jnlp" são abertos com o programa "javaws" [eu não sabia disso, apenas joguei sua frase "como eu faço para executar arquivos com extensão .jnlp" no Google, e a resposta veio
daqui].
Com a versão do Java desejada selecionada, quando você executar "javaws <arquivo.jnlp>" provavelmente tudo vai funcionar como esperado.