OK, algum recurso esta dando problema ou causando travamento, tente deixar o emerald como gerenciador de janelas, tente também voltar o compiz para as configurações padrões e ir adicionando os efeitos aos porcos para saber o que pode estar dando errado, se ao voltar o compiz para o padrão e o problema continuar, remova-o e instale novamente.
Sinceramente acho dificil alguem saber quais recursos estão dando problemas e conseguir lhe ajudar, acho que vc vai ter de seguir esses paços para descobrir.