Bom, não existe uma configuração universal para mostrar "comandos" que o software faz. É de inteira responsabilidade de quem fez o software mostrar os comandos feitos através da gui ou pela linha de comando.
No caso do Synaptic não sei se existe um parâmetro que faça com que ele mostre os comandos que ele faz via linha de comando.
Quase todos os softwares tem um modo debug para mostrar, na linha de comando (saída padrão), o que está se passando e é usado pelos programadores para "debugar" o programa. Porém terá que mexer no código fonte ou em alguma configuração para que o software passe a mostrar o modo debug e em algumas vezes compilar o código.
Para saber realmente o que se passa "atrás" da interface gráfica é só estudando o código fonte.