Corro risco de estar falando bobagem, mas pelo que eu percebi, o Ubuntu joga o relógio do sistema (da bios) para o GMT, e depois ajusta para o local onde você está (na verdade não sei se é o Ubuntu ou o próprio Gnome). Quando você vai para outro sistema operacional, a Bios está marcando o horário do GMT, e não o nosso.
Exemplo: nós configuramos pra GMT - 3 (são paulo). A Bios deve estar com o horário três horas a frente do nosso... Acredito que tenha a ver com o fato de ser possível configurar o sistema para uma grande gama de linguagens, então ele inclusive configura o relógio.