Se você não tem restrição em instalar em dual-boot com o windows, prefira sempre esta opção, pois é a que menos recursos irá pedir do seu sistema. As outras duas opções requerem mais do sistema (processador, memória ram...), pois essas opções tratam-se da instalação de um SO dentro de outro.
Acho que a diferença ente o wubi e o virtualbox seria por que o wubi instala o grub e no boot vc entra ou no windows ou no Ubuntu, mas tudo que você gravar no Ubuntu será gravado na partição do windows que é de onde ele roda. Já o virtualbox literalmente você usa um SO dentro do outro, ou seja, para usar o SO virtualizado você tem que entrar primeiro no windows e só então usar o SO virtualizado, então o wubi "rouba" menos recurso do sistema ao invés do virtualbox, pois este último roda num SO já carregado e o wubi, pelo que entendo, não é necessário carregar o windows, agora não tenho certeza de ser assim por que nunca usei o wubi.