Vírus? O que são vírus? Hê, hê, hê - Desculpe pela brincadeira, caro amigo fique tranquilo no Linux os vírus não conseguem nem rodar no sistema. Hoje em dia podemos ter anti vírus instalados no Linux(Sugiro o ClamAV), mas para escanear os arquivos do Windows (Se você usar dual boot), mas relativo a sua pergunta se você "baixar" um arquivo infectado usando o Linux e posteriormente usá-lo em um Windows "ele vai fazer a festa" e chamar toda a família de spywares, malawares e tudo mais. Portanto se for "transferir" arquivos para o outro sistema pode dar uma "passada" de anti vírus por desencargo de consciência.