Não tenho certeza, mas experimente rodar o zsnes com outro usuário, pode ser até como root, pelo comando sudo, só para testar se este problema acontece apenas com um usuário do sistema.
Em caso de funcionar com outro usuário, procure em seu diretório /home algum arquivo ou diretório oculto (.zsnes por exemplo) e apague-o para o emulador poder criar novamente com a configuração padrão.