Olá Jrmelo,
Eu já passei por um problema parecido com o seu. Eu usava só o WIndows até que decidi fazer um dual boot WIndows/Ubuntu. Pois bem, particionei meu HD com o particionador do próprio live cd do Ubuntu e até aí deu tudo certo. Em seguida, fui instalar o windows na primeira partição (NTFS) do meu HD. Instalei o windows e em seguida reinstalei ele de novo por ter tido uns problemas ao configurar o windows após a primeira instalação. Até aí tudo bem, mas quando fui instalar o Ubuntu numa segunda partição (ext3), o particionador da instalação (live cd) do Ubuntu simplesmente não detectava nenhuma das minhas partições. Resultado, perdi tudo o que tinha no meu HD (ainda bem que eu já tinha feito backups) e tive que refazer as partições novamente.
Agora você poderia me perguntar: qual foi o problema? Bom, eu acho, mas não tenho certeza, que o que aconteceu foi o seguinte: ao ter instalado o windows sucessivas vezes, a trilha MBR (pequeno trecho no início do HD que guarda as informações referentes às partições) foi substituída ou apagada. Por isso, durante a instalação do Ubuntu, o particionador simplesmente não detectava nada.
Dê uma olhada no seguinte link, que esclarece bastante:
http://www.guiadohardware.net/tutoriais/recuperando-particoes-corrigindo-sistemas-arquivos/