Como não tem como eu reproduzir o problema, agora, vou relatar o que tenho no momento, fiz uma instalação do kernel preemptivo, com o linux image e linux modules, mas sem os header, pois dá conflito de dependências, acredito que o x da questão é fazer algo para o APT não incomodar. Meu driver da nvidia parou de funcionar, então rodei um sudo apt remove nvidia* --purge, porém o VirtualBox não apresenta aquele problema de tela gigante.
Como a gente sabe ser necessário os headers para compilar alguns programas, acho importante resolver o conflito de dependências.