Se vc tem o compiz settings manager instalado chame ele do dash;
ccsm
Na seção Acessibilidade habilite Opacidade, brilho e saturação. Na aba "Opacidade", em "Definições específicas de janelas", clique no botão "Novo", e na janela que abrir, coloque;
Tooltip | Menu Tooltip | Menu | PopupMenu | DropdownMenu
e em "Valores para a janela" - onde é definido a transparência - coloque o valor que você quiser 90 e bom... as janelas de dialogo quando clica em algum item vao ficar com transparencia.
Após fechar vai ter o menu transparente.
Para fazer as bordas das janelas transparentes;
sudo apt-get install gconf-editor
chama no terminal mesmo;
gconf-editor
Clique em "app" -> "gwd"
Clique em "metacity_theme_active_opacity" e em "metacity_theme_opacity", e altere os valores de transparência que desejar coloca 0.8
Já pode ver as bordas das janelas transparentes. Nao aconselho ficar mexendo muito onde na odeve eheheheh entende???