limitar alguns usuários para ter acesso a apenas o desktop e o atalho para o sistema da empresa
Basta programar o desktop deles, removendo todos os ícones e personalizando os menus.
alguns para uma pasta compartilhada entre todas as estações
No LTSP, as estações não fazem nenhum processamento do usuário, elas só mostram a sessão do usuário que roda no servidor. Então, tecnicamente, a pasta é compartilhada no servidor, não nas estações.
Enfim; uma pasta, seja compartilhada ou local, tem permissões de acesso. Basta ajustar essas permissões conforme sua necessidade. Ela sempre vai estar lá, mas só vai poder acessar quem você autorizar.
limitar quanto HD e processamento cada um poderá usar
Informe-se sobre quotas de disco.
Sobre processamento, tem como limitar, mas não sei se tem como definir limites diferentes por usuário.
configurações de impressoras
Nunca vi nenhuma forma de limitar o uso da impressora. Uma vez instalada, fica disponível pra qualquer usuário da máquina. Tem um programa chamado PaperCut que se propõe a fazer isso, mas é pago.
Estou configurando um proxy para limitar uso de internet, a melhor forma, ou forma mais usual é pelo squid correto?
Não sei se é boa idéia fazer essa pergunta no mesmo tópico.