Problema na geração de pdfs em aplicativos java

[Rizzen]

Olá, já falei desse problema em tópicos sobre aplicativos q utilizam java e q geram documentos em pdf, tais como o emissor de notas fiscais eletrônicas, e um programa para geração de boletos bancários. Porém ninguém falou sobre isso (até pq não era o objetivo principal dos tópicos), então estou criando esse tópico pra ver se alguém consegue resolver o problema ou dar alguma dica do q pode estar acontecendo de errado.
O problema é o seguinte, tenho esses dois programas no meu ubuntu, mas não posso usa-los, pois quando gera o documento em pdf, sai todo com "defeito", falta de letras, informações, dígitos e etc. Alguém sabe o q causa esse problema? Não sei se é o java, pq já testei esses programas tanto no java 6, como no java 7.
Só pra constar, eu uso o Ubuntu 12.04 LTS 64bits.