Alterar aplicativo padrão de execução

[lordstratos]

Ola, sou iniciante e estou com o ubuntu 11.10 desde seu lançamento. Na versão anterior anterior alterava facilmente o aplicativo de execução de algum documento mas na nova versão tenho tido problemas na instalação de aplicativos que não aparecem na lista de escolha de aplicativos de execução. O problema é que agora há mais a área para inserir o comando manualmente para determinado aplicativo.

Obs: já testei em outros sistemas com ubuntu 11.10 e os mesmo aplicativos continuam não aparecendo na lista de aplicativos. Os aplicativos que estou tendo esse problema pymol e o IDE padre.