dvd não reconhece codec de video!

[al linux]

Olá.
Gravei uma coletanea de pequenos videos, video-clipes na verdade, e tal foi minha suspresa ao ser informado no dvd, por prévia mensagem, quanto sua incompatibilidade a certo codec entranhado no video Rebellion, do Grave Digger, vindo a possuir somente o audio.
Descobri que o tal codec é o ITU H.264.

A minha pergunta é. Como reembalar este video, com um outro codec, sem perder quaisquer das informações de audio e video, poupando-lhe assim a qualidade dos mesmos?
Alguns nem chegaram a ser reconhecidos, mas como possuem codecs convencionais, e eu gravara em um dvd-rw velhinho, penso que talvez tenha sido um erro no processo. (ou não). Os que o dvd pulou para o proximo na hora da execução tinham por codecs os MPEG-2 video e nome .mpg, assim como muitos outros que foram reproduzidos!
Aproveitando a pergunda, eu gostaria que vocês me sugerissem algum programa de edição de video que viesse também a poupar suas qualidades, mantendo as mesmas configurações quanto às dimensões da janela, frames, bits, ou tudo mais que o valhe.
O meu intuito é trocar algumas das cena por outras, mas essas outras estão com dimensões diferentes, de outros videos, então eu quereria que elas se "readaptassem" a essas novas dimensões do video original, que vou querer que não sofram modificações, salvando-o com essa cenas trocadas e o resto como o era antes, sem que tenham sofrido muito com o processo. Tratam-se de video clipes também!
Ficaria muito grato se algúem me desse a dica de um programa, site, manual...
Agradeço desde já!