Criou os mesmos usuários, na mesma ordem? Se não criou na mesma ordem, eles vão ficar com UIDs diferentes, e vc não vai poder acessar as pastas HOME antigas...
EDIT: Se for mesmo isso, este script resolve.
cd /home
sudo -s
for user in *
do
chown -R ${user}:${user} ${user}
done
EDIT2: Código corrigido. Obrigado pelo toque, dex19dt