Olá galera!
Dizem que o Unity não é personalizável, existe uma ferramenta muito prática para personalizar o ambiente, chamada MyUnity.
para instalar:
sudo apt-add-repository ppa:myunity/ppa -y && sudo apt-get update && sudo apt-get install myunity
O MyUnity vai aparecer no menu, com ele você pode mudar o tema de janelas e icones, alterar transparências e outras coisas. É bem fácil de usar.
Obs.: testei no 11.10 e no 12.04. Funcionou numa boa!