Faça seu programa executar um emulador de terminal (gnome terminal, terminator, urxvt...).
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Lendo novamente, acho que você precisa é criar um lançador (*.desktop), que execute o seu programa. Ex
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=Htop
Type=Application
Comment=Show System Processes
Terminal=true
Exec=htop
Icon=htop
Categories=ConsoleOnly;System;
GenericName=Process Viewer