Se quer autorar um DVD o DVDStyler é um excelente software e tem suporte ao MKV. Aqui ficou com a qualidade perfeita, inclusive, nele dá pra você montar menus de DVDs, colocando, inclusive, música de fundo para cada um dos os menus e/ou submenus. É um programa interessante. Ele tem também ferramentas inserir legendas e ajustar a qualidade para caber mais videos no DVD.
http://www.conectadores.com.br/tutoriais/dvdstyler
Outro no mesmo nível, com suporte a MKV também, porém com capacidade de customização de menus bem mais limitada é o DeVeDe. Esse programa é poderoso e converte bem rápido, com qualidade extraordinária. Tem ferramenta para embutir legendas, alterar qualidade (que por padrão já vem setado para quase o máximo) e tem uma ferramenta muito útil que é a de ajustar os vídeos ao tamanho do disco. É um presset que faz com que um video que não ocupe o tamanho inteiro da mídia tenha automaticamente a qualidade aumentada e em contra partida, se vocẽ inserir diversos videos e estiver mostrando que ultrapassou o tamanho, é só clicar em "ajustar ao tamanho do disco" que ele reduz a qualidade (de forma aceitável, se não ele avisa que não pode reduzir mais) automaticamente para que os vídeos caibam na mídia.
http://www.youtube.com/watch?v=RguPkUBA_5w
Outro grande programa é o Openshot, ele serve para edição de vídeos e criação de animações, serve para fazer stop motion e etc, mas também pode ser usado como conversor, ele converte até para Full-HD, é um software robusto. Um tutorial breve sobre ele:
http://www.openshotusers.com/help/1.3/pt_BR/ar01s03.html
O mais proficional na minha opinião é o Cinelerra, mas ele é mais complexo para utilizar também.
https://www.youtube.com/watch?v=UyQC7Eg3GEQ
Tem vários tutoriais sobre os softwares pela internet.
Não precisa de programas do windows de forma nenhuma.
Recomendo o site de um amigo meu, o Ricardo Graça, que trabalha já à mais de 10 anos com animação e edição de áudio e vídeo. Já fez trabalhos para o Multishow, inclusive.
http://rme.ricolandia.com/
O site dele tem video aulas e um fórum onde ele, na medida do possível, tenta ajudar as pessoas que estão ingressando no software livre e utilizam Linux, principalmente. Ele só usa software livre e mostra que é possível sim, fazer um excelente trabalho, profissionalmente, usando Linux.
O Devede é um ótimo aplicativo para criação de Dvd-vídeo, não para conversões em geral.
Abç.
O DeVeDe serve para conversões em geral sim, ele converte a partir de praticamente qualquer formato para mpeg, avi e vob, sem precisar autorar menus, simplesmente como conversor.