Nunca ouvi falar nesse tipo de problema.
Nenhum Linux mexe em nada dentro das partições Windows, a menos que vc execute algum comando específico ou mexa diretamente dentro da partição.
Eu verificaria antes algumas coisas no próprio windows, antes de pensar em incompatibilidade com Dual Boot. Por exemplo, se não houver espaço livre suficiente, o Windows vai apagar os pontos de restauração. Vírus e Anti-Vírus também podem estar fazendo isso.