O problema é que provávelmente você adicinou um repositório que não foi preparado para o Dapper e acabou causando problemas de dependencias.
Coloca apenas os repositórios oficiais no seu sources.lst:
# gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv KEY
# gpg --export --armor KEY | sudo apt-key add -
# Ubuntu supported packages (packages, GPG key: 437D05B5)
deb http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper main restricted
deb http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper-updates main restricted
deb http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper-security main restricted
# Ubuntu supported packages (sources, GPG key: 437D05B5)
deb-src http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper main restricted
deb-src http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper-updates main restricted
deb-src http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper-security main restricted
# Ubuntu community supported packages (packages, GPG key: 437D05B5)
deb http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper universe multiverse
deb http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper-updates universe multiverse
deb http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper-security universe multiverse
# Ubuntu community supported packages (sources, GPG key: 437D05B5)
deb-src http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper universe multiverse
deb-src http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper-updates universe multiverse
deb-src http://pt.archive.ubuntu.com/ubuntu dapper-security universe multiverse
Depois pode actualizar sem problemas, se remover alguns pacotes é porque estes não são as versões que deveriam estar instaladas, será possível reinstalar..