O grande problema que eu via o pessoal falando, principalmente no início da distro (mas com certeza com as recentes mudanças deve ter voltado esse argumento) é que as coisas no Ubuntu são feitas "the Ubuntu way" e não "the Linux way". Eu não sei apontar exatamente o que, mas existem/existiam certas coisas que são feitas de uma maneira no Ubuntu (mesmo por linha de comando) e são feitas de outra maneira nas outras distros, principalmente por conta das diversas customizações que o Ubuntu tem para se tornar mais fácil de ser usado. O mesmo acontecia com o Kurumin.
É por essa razão que é feita a pergunta "Você sabe usar Linux? Não vale dizer Ubuntu.": Se você souber usar apenas o Ubuntu com a central de programas, você vai conhecer apenas as ferramentas da distro, e se você pegar qualquer outra distribuição você provavelmente vai se perder. O mesmo vale para programas que configuram automaticamente as coisas para você (rede, vídeo, hardware, etc). Isso não quer dizer que todos são xiitas e odeiam o Ubuntu, só quer dizer que ter conhecimento de uso apenas das ferramentas de uma distro não quer dizer que você vai conseguir se virar com as outras distros (por isso eles dizem que "você não sabe usar Linux"). A única ferramenta padronizada em todas as distros é o terminal.
E mesmo o terminal não é exatamente padrão. Eu gosto do Debian e derivados, por exemplo, e me viro bem no apt, que é uma ferramenta modo texto (eu nem uso a Central de Programas do Ubuntu), então eu consigo me virar bem em todas derivadas do Debian. Só que eu já tentei milhares de vezes gostar do openSUSE, e simplesmente não consigo me adaptar nem trabalhar direito com .rpm, pois as ferramentas modo texto são diferentes.
Só que a grande questão é: isso é importante para o usuário comum? A resposta é: não, não é. Isso não é importante nem para programadores, por exemplo. Se você o único uso que você tem para o computador é navegar na internet e digitar textos e você sabe usar o Firefox e o Writer, e sabe onde achar eles nos gerenciadores de janela mais comuns, então para o que você usa você sabe usar Linux. Se você consegue, usando quaisquer ferramentas que a distribuição oferece, instalar o ambiente de desenvolvimento que você precisa, e com isso você consegue trabalhar, então está mais do que bom. Diabo, minha namorada sabe usar Linux. Eu deixo ele instalado na máquina, ela liga, abre os programas que ela precisa e pronto. Isso é usar. Se ela tiver algum problema, ela me chama e eu resolvo, mas isso já não é uso, isso é manutenção avançada. O mesmo acontece com o Windows, um monte de gente sabe usar o Windows, mas me chama para resolver os n problemas que acontecem.
Então não precisa dar bola. Se você sabe usar as ferramentas gráficas do Ubuntu, você já sabe usar Linux e pronto. Você pode não ser um sysadmin, mas se essa não é a sua intenção, ninguém tem nada a ver com isso. Ninguém é obrigado a perder um tempão escovando bits e aprendendo comandos no terminal no lugar de usar o sistema.