Eu gravo screencasts pro meu canal e confesso que as ferramentas para screencasts no linux me decepcionam.
O que eu faço e sugiro é o seguinte, não grave o áudio com o gtk-recordMyDesktop, grave com o audacity, é melhor pra editar e tudo mais, pra sincronizar eu faço uma coisa que pode parecer boba: abro o banshee, e dou play em uma música, depois paro e fecho, daí vou no editor de vídeos (uso o kdenlive mas pode ser outro) e sincronizo quando a música tocar na hora que dou play.
Uma dica é amplificar o som no próprio audacity também.
JeanPrado: Não sei resolver o problema, mas se não conseguir, sugiro você usar o Kazam:
https://launchpad.net/kazam é um bom recorder mas a qualidade não é tão boa quanto a do gtk-recordMyDesktop.
Abraços.