Saberia me dizer pq nao eh bom usar o system fpissara?
Porque, dependendo da distro, alguns comandos funcionam de maneira diferente. O que funciona no Ubuntu não necessariamente funciona no Red Hat ou no SUSE ou no Slackware, etc... mesma coisa para o FreeBSD e outros Unixes. Buscar uma maneira mais "universal", em minha opinião, é sempre melhor. Note que nenhum (que eu tenha visto) dos utilitários, no linux, usa system() para fazer seus trabalhos...
Ainda... se é para usar system(), então você não precisa de C, precisa de shell script...