Olá Ricaxe estou passando pelo mesmo problema e gostaria de saber se eu entendi a sua postagem,
desculpe se estou sendo leigo, mas vc diz pra apagar o centeúdo desses diretórios é isso?

Outra coisa dei uma olhada nesses diretórios e mas parece q estão com nomes diferentes ao q vc colocou dá uma olhada:
primeiro o apps:
root@Tiger:/home/igor/.gconf/apps# ls -a
. eog gnome-system-log panel
.. evince gnome-terminal seahorse
banshee-1 file-roller gwibber shotwell
brasero %gconf.xml indicator-session tomboy
compiz-1 gedit-2 metacity totem
compizconfig-1 gnome-screenshot nautilus update-manager
deja-dup gnome-session nm-applet update-notifier
empathy gnome_settings_daemon notify-osd vinagre
segundo o compiz q aparece como compizconfig-1
root@Tiger:/home/igor/.gconf/apps/compizconfig-1# ls -a
. .. %gconf.xml
ou
terceiro:
root@Tiger:/home/igor/.compiz-1# ls -a
. .. session
Pergunta: O que eu devo apagar e é esse o caminho?

Agradeço qualquer ajuda!!!!!!!!!