O unity no ubuntu 11.04 tabém apresentou esse problema comigo.
Por esse e por outros bugs não estou usando o Unity ainda.
Você pode resolver sem reiniciar o GDM todo. Nem sempre dá certo, mas as vezes apenas reiniciar o unity (sem fechar a sessão) com o comando "unity-window-decorator --replace &" resolve.
Atualmente estou testando o gnome-shell, mas também está com vários pequenos bugs (até teve esse mesmo bug, mas apenas uma vez).