Uma vez que eu usei o wine minha esposa instalou um virus, foi até engraçado ver um monte de janelas abrindo sem parar e minha esposa desesperada, removi o wine e tudo voltou ao normal.
Detalhe... só pegou o vírus porque ela clicou nele depois de baixar e mandou o wine executar. Não afetará o seu Ubuntu, se for algo realmente um virus muuuuuuiiiiiito poderoso talvez comprometeria o usuário, mas o sistema é praticamente impossível, o wine não tem permissões.
Fique tranquilo, os vírus não vão abrir o wine e se instalarem automaticamente.