Como está o tempo aí na sua cidade?Se estiver um clima quente é normal , quando esfriar o tempo com certeza ele abaixará sozinho quando não precisar de tudo isso...
O dia em que instalei estava quente e aqui também esquentava , dava até umas travadas , isso acontece porque o drive da placa de video também não estava certo , mais se vc configurou os drivers certinho o ubuntu não altera configurações da bios para aumentar ou diminuir a rotação dos fans e sim a bios aumenta pq tem algum drive errado talvez.
Acho que a unica coisa que pode aumentar a velocidade e controle dos fans seria o drive da placa de video errado , mais prefiro ele ficar rodando no toco do que rodar devagar e queimar...
Veja o manual da bios da sua placa e deixe para desligar caso ultrapassar os 70~75 graus que sei que não tem perigo de queimar até aí +-...
Passe algum soft para checar a temperatura...O meu aqui tem interruptor p/ controlar , se aumentar e eu ver que não necessita eu abaixo, caso contrario se passar de 70 graus ele desliga sozinho , aí não tem perigo de queimar nada...Caaso ver que ele não aguenta rodar o ubuntu 11.04 apele por outro derivado mais leve , tipo o lubunto ,só muda a interface gráfica , o kernel é 3.0 e funciona redondinho...