Ei, chackal_sjc, você criou os link's do java no diretório do arquivo a ser executado? Para fazer isso, basta digitar o seguinte comando no Terminal: sudo ln -s [diretório de origem/java] [diretório de destino/java]. Depois, você poderá executar o arquivo desejado da seguinte forma: java -jar [diretório do arquivo].
Este é um exemplo de como eu executo um jogo (formato JAR) no terminal: java -jar /usr/local/games/Risk/Risk.jar .