Putz, já tinha até esquecido deste post.
Não, ele não fica com duas versões. Na verdade ele pergunta se você quer sobrescrever a versão antiga. Disse sim e ele instala tudo numa boa, pelo menos com o Limewire foi assim. Já que muitos pacotes do Ubuntuguide não usam o apt-get, fiquei na dúvida. Mas agora já resolvi.