Eu duvido que tenha percebido a questão, portanto vou reformular... Você apaga ficheiros ocultos duma pendrive no ubuntu para evitar que os virus que eventualmente estariam nessa pendrive passem para o windows???
Bem, se é esse o caso...
No tempo do DOS, de facto os virus eram ficheiros autónomos, mas hoje uma centena de bytes codificados num qualquer ficheiro podem transportar virus. Noutro dia vi uma foto duma rapariga que tinha um pixel (1 pixel!) negro no olho e segundo, penso que a symantec, era o código desse pixel que havia sido alterado de modo a explorar uma vulnerabilidade se bem me lembro no IE... daí a informação de cor/brilho/contraste não estar presente e ficar negro. Em ampliação normal não se via, e mesmo a uns 400% ninguém veria aquilo... Para além disso, virus de macros, rootkits, sei lá que mais... A técnica do ficheiro oculto já é mais do que obsoleta, parece-me...
Mesmo o clavav é na minha opinião modesto. Fazem-se provavelmente centenas de vírus/dia. Mesmo com os melhores antivírus, basta a "vacina" ainda não ter sido descoberta/actualizada e já foi... O clamav é mais para descanso de consciência, mas não me basearia nele como a "prova dos nove" para ver se há virus...
Além disso o linux não tem virus porque:
- a quota de mercado é residual
- tem as flags x de execução dos ficheiros que impede que se executem disfarçadamente (mas não impede técnicas de engenharia social, em que o utilizador diz 30x que é para instalar e coloca todas as passwords...)
- o utilizador padrão não tem permissões por norma no sistema, a não ser que o utilizador root seja usado frequentemente para tudo e mais alguma coisa
- o sistema de directorias e o funcionamento interno do unix em nada tem a ver com o windows, o que faz com que os virus não saibam o que fazer
Tudo isto torna o linux num potencial portador de virus para o windows, ainda que estes nada lhe façam.
Espero não estar a espalhar o pânico, mas a pior protecção é confiar cegamente em algo. Se bem percebi a questão, nada como ter um PC formatado de novo com windows, que não seja usado para outras tarefas nas quais possa ficar contaminado, com um bom antivirus pago (norton, mcaffee, trendmicro...), e passar tudo quanto for pens/cd/etc em análise lenta.
Cumprimentos