Estou com o mesmo problema e ainda não temos nenhuma posição concreta sobre a resolução desse problema. Mas percebi uma coisa interessante que pode ajudar numa futura solução: Percebam que quando abrimos as "Preferências de som" do gerenciador do gnome ele dá um pisca na tela... automaticamente os EFEITOS VISUAIS (caso tenha selecionado algum) desaparecem e volta para a seleção "Nenhum" lá em Sistema -> Preferência -> Aparência -> Efeitos Visuais.
Quem está com o mesmo problema, favor fazer esse teste pra ver se ocorre o mesmo com todo mundo....