Também enfrentei este problema.
Não tenho noção do que causa, mas notei vários pequenos bugs no GNOME da 10.04, entre eles este. Eu resolvi instalando o Gestor Simples de Configuração do Compiz. Pesquise por simple-ccsm no Synaptic ou então vá pela Central de Programas do Ubuntu, lá ele aparece como Simples gerenciador de configurações CompizConfig. Instale-o.
Depois disso ele aparecerá em Sistema - Preferências. Tendo o aberto vá na aba Ambiente de Trabalho e troque o item Aparência de Muro das Áreas de Trabalho para Cubo das Áreas de Trabalho. Fica diferente, mas resolve até aparecer uma solução.
Ah, os efeitos visuais em Preferências de aparência devem estar habilitados, no mínimo com a opção normal selecionada.