você provavelmente usa uma versão antiga do Ubuntu, e por sua vez provavelmente está usando uma versão antiga do DeVeDe. se não me engano, a versão do DeVeDe existente nos repositórios do Ubuntu 8.10 ainda não suportava alteração no tamanho das legendas.
porém, as versões mais recentes do DeVeDe permitem alterar o tamanho da legenda à vontade. tente baixar uma versão mais atual do DeVeDe direto no site e veja se não quebra o seu galho.
mas se quiser embutir, o Avidemux faz isso de boa. só não sei se há muitas opções pra alterar aparência da legenda no plugin padrão de embutimento de legenda SRT que o Avidemux tem. eu recomendo que você utilize o Aegisub (tem pra Ubuntu) pra retocar a aparência da sua legenda, salvá-la para o formato SSA e embutir com o outro plugin padrão de embutimento de legenda SSA do Avidemux.