ola lucas, bem vindo ao linux.
como disse o colega acima, quando se instala o ubuntu e com ele seu gerenciador de inicializaçao, o grub, vc pode escolher onde ele ficara, se vc escolheu o hd externo ele zerou o setor de boot do seu hd do note e rescreveu-o no hd externo. um soluçao simples sera usar o cd do win (xp, nao sei se o 7 tem essa opçao) e proceder da seguinte forma:
1 - de boot pelo cd
2 - na primeira tela aperte r para reparar manualmente, uma tela preta surgira
3 - escolha sua instalaçao e ponha a senha de admin caso exista
4 - use o comando fixmbr, ele regrava o setor de boot do seu hd.
apos isso seu note iniciara o windoes normalmente, e o linux so iniciara quando vc, durante o boot do sistema usando uma tecla de atalho ou escolhendo diretamente na bios, der boot pelo hd externo.
caso vc deseje que o grub realmente seja ativado todas as vezes mesmo com o hd externo desligado, o procedimento é um pouco mais complexo, qualquer coisa é so avisar.