Ola companheiros, e simples deixando as dependencias vc nao vai precisar baixa-las novamente quando for necessario por exemplo: eu tenho aqui um modem que nao esta instalado mas o pacote dele esta no cache do apt quando usar e so instalar porque os pacotes ja estao la nao e necessario baixar tudo novamente, o caso do vlc se houver alguma biblioteca comum a algum outro programa ela nao sera removida, em suma o que esta instalado na sua maquina e o que esta em uso e nao ha mal algum deixa-las la, nao e como windows que vc limpa cache desfragmenta no linux isso nao faz diferença a nao ser que precise liberar espaço. O sistema de arquivos praticamente nao se fragmenta essa preocupação de limpar etc sao manias do windows no linux os problemas sao outros.