As soluções apresentadas de se montar as partições do windows usando o linux me parecem mais acertadas, como o Tota explicou.
Quando o windows perde o boot a situação se complica, é muito dificil recuperar.
E este problema na partição NTFS parece muito complicado, e o risco de perder tudo é altíssimo.
Mas dependendo do dano, tem uma ferramenta que pode resolver o problema do boot do windows, fica meio complicado mas pode funcionar:
Se chama - GAG, um gerenciador de boot.
Fazendo dowload do aplicativo e gravando num cd de boot.
Coloca o cd do GAG no boot, e faz a instalação.
Depois tenta recuperar o boot do windows.
O incoveniente é que instalando este boot looder o ubuntu perde o boot.
Mas depois de recuperado o boot do windows, é só desinstalar o GAG.
O GAG é um bom gerenciador de boot, mas para instalar distros do linux, não se pode salvar o GRUB na MBR.
No site do GAG tem instruções em inglês e espanhol.
Já tive vários problemas de perder o boot do windows, e o GAG na maioria das vezes conseguiu recuperar.
Muito embora não seja especificadamente uma ferramenta para este fim (é um gerenciador de boot de diversos sistemas operacionais), mas funciona.
Leim este interessante artigo:
http://www.vivaolinux.com.br/artigo/Use-o-GAG-e-nunca-mais-perca-o-bootNa verdade tenho usado mais o GAG para recuperar o windows do que para uso de gerenciador de boot.
Obviamente antes te tentar usar esta solução, também é bom fazer primeiro um backup dos dados do ubuntu, pois toda operação que mexe com o boot, traz sempre riscos.