Pode-se vender serviços, suporte, mas também softwares. O próprio Ubuntu pertence a uma empresa, a Canonical Ltd. Uma empresa pode dar suporte a servidores e mesmo a usuários comuns. Pode-se trabalhar instalando e dando manutenção. Um programador pode, por exemplo, alterar o código fonte para adequar o software às necessidades de uma empresa, ganhando por isso. Você poderia até vender cópias de um software alterado por você. Só não poderia fechar o código fonte, impedindo o usuário de fazer alterações, nem impedir que o mesmo distribua isso a quem quisesse. É a regra do copyleft.
Não há problema em se ganhar dinheiro. Não é uma questão de preços. Livre não quer dizer grátis. O que a filosofia do software livre vem dizer que está errado é o monopólio e a privação de acesso ao código fonte, e, conseqüentemente, o poder das empresas sobre a sociedade.
A economia se transforma. O modelo econômico como conhecemos não é o primeiro e nem será o último. O modelo atual está em decadência, em parte, graças à internet. Vários setores já precisam se adaptar, como é o caso do cinema e da música. Acredito que a sociedade em si já esteja respondendo e exigindo transformações, através de seus comportamentos. Assim, aqueles que não se adaptarem serão extintos. É a seleção natural do mercado.
Um texto interessante sobre isso pode ser visto no sítio Software Livre Brasil:
http://softwarelivre.org/portal/o-que-e